Impact écologique du comté : ce que disent vraiment les chiffres

En avril 2025, le naturaliste Pierre Rigaux qualifie le comté de « mauvais produit sur le plan écologique » sur France Inter. La polémique enflamme les réseaux sociaux, les producteurs montent au créneau, les politiques s’en mêlent. Derrière le hashtag #TouchePasAuComté, une question de fond : quel est réellement l’impact environnemental du premier fromage AOP de France, dont la production a doublé en 30 ans pour atteindre 72 000 tonnes ?

Le comté au coeur d’une polémique nationale

Le 24 avril 2025, Pierre Rigaux intervient dans l’émission La Terre au Carré sur France Inter. Sa déclaration fait l’effet d’une bombe.

« Le comté est sûrement un très bon fromage sur le plan gustatif, mais il semble être devenu un mauvais produit sur le plan écologique », Pierre Rigaux, naturaliste, France Inter (24 avril 2025)

La réaction est massive. Producteurs, élus locaux et amateurs de fromage se mobilisent sous le hashtag #TouchePasAuComté. Même le collectif SOS Loue et Rivières Comtoises, pourtant engagé depuis 2010 pour la protection des cours d’eau franc-comtois, nuance le propos : « Pierre Rigaux met le doigt sur un vrai problème, mais apporte de mauvaises solutions. »

Ce qui se joue ici dépasse le fromage. C’est la question de la compatibilité entre une filière AOP en croissance continue (de 30 000 tonnes en 1991 à 72 000 en 2024) et la préservation d’un écosystème karstique particulièrement fragile.

Empreinte carbone du comté : pourquoi les chiffres varient du simple au quadruple

Le débat carbone souffre d’une confusion récurrente entre deux sources qui ne mesurent pas la même chose.

L’ADEME, via sa base Agribalyse 3.2 (mise à jour janvier 2025), attribue au fromage à pâte dure 6,28 kg CO2e par kg. Ce chiffre couvre l’intégralité du cycle de vie en contexte français. L’élevage représente à lui seul 83 % de ce total.

L’étude Poore & Nemecek (Science, 2018), qui consolide les données de 38 700 exploitations dans 119 pays, place le fromage à 23,88 kg CO2e/kg. Ce chiffre, repris par FranceInfo dans son fact-check, inclut le changement d’affectation des sols à l’échelle mondiale, un facteur considérable dans les pays où l’élevage progresse au détriment des forêts.

En France, le constat de FranceInfo est limpide : le comté se situe en dessous du boeuf, mais au-dessus du porc et de la volaille. Tous les aliments d’origine végétale restent nettement moins impactants. Sur la base ADEME, les 72 000 tonnes produites en 2024 représentent environ 452 000 tonnes de CO2e par an pour l’ensemble de la filière.

Le bilan carbone officiel de la filière, réalisé dès 2007 par les fruitières, avait déjà identifié que 90 % des émissions provenaient de la matière première (le lait). Cela signifie que l’essentiel de la marge de progrès se joue à la ferme, pas à la fromagerie.

La Loue, rivière sentinelle d’un écosystème en crise

Le débat carbone occulte un problème plus immédiat : la pollution des cours d’eau du massif jurassien. La Loue, affluent du Doubs autrefois réputée pour ses truites et ses ombres, illustre la gravité de la situation.

Une étude du laboratoire Chrono-environnement (Université de Franche-Comté, 2020) estime que la rivière a perdu entre 50 et 80 % de ses poissons en 40 ans. Les insectes aquatiques (éphémères, trichoptères, plécoptères) ont subi un déclin comparable. En janvier 2025, un garde-pêche documentait 160 truites mortes sur son seul secteur, entre Ornans et Mouthier-Haute-Pierre, victimes de la saprolégniose, une mycose qui touche les poissons affaiblis.

Le projet NUTRI-Karst, mené par le BRGM sur cinq ans et achevé en 2024, a identifié les causes avec précision :

• L’agriculture est responsable de 90 % des apports en azote dans les bassins karstiques du Jura
• Les bovins (principalement dédiés au comté) représentent 63 % des nitrates et 71 % des phosphates appliqués sur les sols
• Les sols karstiques, poreux et fissurés, laissent les nutriments s’infiltrer directement dans les nappes, sans filtrage naturel

Un paradoxe illustre la complexité du problème : le cheptel bovin a diminué de 25 % depuis 1979, mais la pollution a augmenté. L’explication tient à l’intensification, avec davantage de lait par vache et davantage de concentrés alimentaires. La destruction de la biodiversité ne se limite pas aux océans ou aux forêts tropicales : elle touche aussi les rivières du Jura.

Le nouveau cahier des charges 2024 : ce qui change concrètement

Après huit ans de consultation, l’INAO a validé le 21 novembre 2024 la dixième révision du cahier des charges de l’AOP Comté. Un document de 36 pages assorti de 86 pages de plans de contrôle.

Ces mesures s’ajoutent à des progrès déjà réels. Entre 2000 et 2020, l’usage d’engrais azotés synthétiques a diminué de 50 %, et celui des phosphates de 85 % (Réussir Lait, 2025). La productivité par hectare reste bien inférieure à celle des régions intensives : 3 000 litres/ha/an dans le Jura, contre 7 100 en Bretagne ou 8 400 dans le Nord-Pas-de-Calais.

Pour autant, les associations environnementales jugent ces avancées insuffisantes. SOS Loue plaide pour l’abandon du lisier au profit du fumier composté et une réduction plus ambitieuse de la densité animale dans les zones karstiques les plus vulnérables. L’adoption de pratiques compatibles avec un élevage bovin écologique reste un chantier ouvert.

Des initiatives prometteuses, encore marginales

Au-delà du cahier des charges, plusieurs programmes tentent de concilier production et préservation.

Le réseau « Comté Demain » regroupe 15 fermes pilotes qui testent l’agroforesterie et le pâturage dynamique. En deux ans, ces exploitations ont réduit leur empreinte carbone de 35 % (Ekwateur, 2025). Le programme LIFE Tourbières (2014-2021), financé par l’Union européenne, a permis de réhabiliter 55 tourbières dégradées, neutraliser 26 km de fossés de drainage et restaurer 15 km de cours d’eau. Un second volet, LIFE Climat Tourbières (2022-2029), cible 70 nouveaux sites.

Ces résultats montrent que des solutions existent. Leur limite : l’échelle. Sur 2 400 exploitations, seules 15 participent au réseau Comté Demain. Passer de l’expérimentation à la généralisation suppose un changement de modèle économique que la filière n’a pas encore engagé.

Le choix d’un régime végétarien reste la solution la plus directe pour réduire son empreinte alimentaire. Mais pour ceux qui souhaitent continuer à manger du comté, privilégier les producteurs engagés dans ces démarches est un levier concret.

FAQ

Le comté pollue-t-il plus que la viande ?

Non. Selon l’ADEME (Agribalyse 3.2), le fromage à pâte dure émet 6,28 kg CO2e/kg, bien moins que le boeuf. En revanche, il se situe au-dessus du poulet et du porc, et nettement au-dessus des protéines végétales. Le comté n’est pas le pire choix, mais il n’est pas anodin non plus.

Pourquoi les rivières du Jura sont-elles polluées ?

L’étude BRGM NUTRI-Karst (2024) montre que l’agriculture liée à l’élevage laitier est responsable de 90 % des apports en azote dans les rivières karstiques du Jura. Les sols poreux laissent les nitrates et phosphates s’infiltrer directement dans l’eau. D’autres facteurs aggravent la situation : changement climatique et assainissement défaillant.

Que change le nouveau cahier des charges de 2024 ?

La révision de novembre 2024 impose 1,3 hectare de prairie par vache (contre 1 avant), réduit l’azote minéral autorisé de 50 à 40 unités par hectare, plafonne la production à 1,2 million de litres par exploitation et porte les points de contrôle de 100 à 170. Ce sont les exigences les plus strictes de toutes les AOP fromagères françaises.

Peut-on manger du comté en étant soucieux de l’environnement ?

Oui, avec modération. Le comté AOP reste moins impactant que le boeuf et bénéficie d’un cahier des charges parmi les plus exigeants en France. Privilégier les producteurs du réseau Comté Demain et réduire sa consommation globale de produits laitiers sont deux leviers complémentaires.

Mise à jour de l’article : 23 février 2026